Den Grundstein für das Naturalienkabinett legte im Auftrag von Carl Theodor das Akademiemitglied Cosimo A. Collini, als er in zwei Sälen im östlichen Querflügel des Schlosses eine naturkundliche Ausstellung einrichten ließ. Hier wurden Mineralien und Fossilien gezeigt. Ein Jahr später wurde die Sammlung um einen Saal mit Wirbeltieren und 1769 um einen vierten Saal mit Insekten, Vögeln, Pflanzen und völkerkundlichen Objekten ergänzt. Dazu gehörten auch kunsthandwerkliche Arbeiten aus dem Orient.
Dabei betrachtete man die Stücke nicht nur als Kuriositäten, sondern auch als Hilfsmittel der regionalen Wirtschaftsförderung: sie sollten Handel, Kunsthandwerk und Industrie anregen.
Nach dem Tod Kurfürst Carl Theodors wurde der größte Teil der Sammlung nach München gebracht.
In der Ausstellung zu sehen ist eine originale Tischvitrine von 1764, wie sie auch in den kurfürstlichen Sammlungen stand. Die gezeigten Objekte stammen alle aus der kurfürstlichen Naturaliensammlung – ein Teil von ihnen kam bei den Bauarbeiten der letzten Jahre im Gartensaal zutage.